PCP是肺孢子菌，又可以称为卡氏肺孢子虫的英文缩写。PJP肺炎是肺孢子菌肺炎，又可以称为卡氏肺孢子菌肺炎，卡氏肺囊虫肺炎的英文缩写。PCP和PJP肺炎的主要区别在于，PCP是一种条件致病菌，PJP肺炎是一种独立的临床疾病。两者之间的关系是，PCP是导致PJP肺炎的主要致病菌。PCP为单细胞生物，长期以来被划为原虫，因此称为卡氏肺孢子虫，卡氏肺囊虫。
1988年通过对其核糖体小亚基RNA（1:08）的序列分析，证实它是属于真菌，因此改名为肺孢子菌。肺孢子菌主要有包囊和滋养体两种形态，滋养体为可变的多形体，由细足和伪足形成，类似阿米巴。包囊呈圆形，直径4-6个um，囊壁内含有囊内小体，又可以称为孢子。完全成熟的包囊一般为8个，包囊是重要的诊断形态。肺孢子菌寄生部位限于肺泡腔，成熟的包囊进入肺泡后破裂，囊内的小体脱囊后发育成滋养体。滋养体紧贴在肺泡上皮寄生、增殖，包囊多位于肺泡的中央。PJP肺炎是一种严重的机会感染性疾病，是由肺孢子菌引起的呼吸系统机会感染。多发生在免疫力低下的婴儿或者成人，如脏器移植后的患者。